Già vincitore della prima tappa venerdì, il corridore della Lidl-Trek è stato il più veloce in un gruppo di circa 60 corridori e senza nessuno dei grandi velocisti, che erano rimasti sulla lunga salita di Qafa e Llogarasë (10,5 km con una pendenza media del 7,4%), sebbene la sua cima fosse a 40 km dall'arrivo.
"Raggiungere due vittorie di tappa e riavere la rosa è esattamente quello che volevamo stamattina", ha detto Pedersen, che prima dell'inizio di questa terza tappa era a un solo secondo dallo sloveno Primoz Roglic nella classifica generale.
Grazie agli abbuoni, Pedersen strappa il primato a Roglic, arrivato nel gruppo principale insieme al resto dei favoriti per il podio finale a Roma il 1° giugno.
Il danese, che conquista la 52ª vittoria della sua carriera, ha superato in volata il neozelandese Corbin Strong e il venezuelano Orluis Aular, aggiudicandosi i dieci secondi assegnati al vincitore di tappa.
Ayuso è quinto
In classifica generale ha ora nove secondi di vantaggio su Roglic e quattordici sul compagno di squadra ceco Mathias Vacek.
Lo spagnolo Juan Ayuso, considerato il principale rivale di Roglic per la vittoria finale, è quinto a 25 secondi.
Pedersen manterrà la maglia rosa almeno fino a martedì, poiché il gruppo del Giro, dopo queste prime tre tappe in Albania, si sposterà in Italia lunedì per una giornata dedicata al riposo e al trasferimento.
La quarta tappa, martedì tra Alberobello e Lecce, favorisce i velocisti, che avranno la possibilità di rifarsi.
Domenica sono rimasti tutti indietro sulla lunga salita di Llogarase, compreso il belga Wout Van Aert, lontano dai suoi livelli migliori.
La salita di Llogarase decide
Pedersen è sopravvissuto grazie al grande lavoro della sua squadra, a partire dallo scalatore italiano Giulio Ciccone, e alla sua eccellente forma in questa primavera europea, con una campagna di Classiche che ha incluso la vittoria alla Gand-Wevelgem, il secondo posto al Giro delle Fiandre e il terzo alla Parigi-Roubaix.
"Il fatto che Giulio lavori così per me, quando anche lui ha delle ambizioni qui, dimostra che tipo di persona sia. Non vedo l'ora di andare in montagna e ricambiare il favore", ha detto il danese, grato anche a Vacek.
"È una macchina, farò del mio meglio per aiutarlo a vincere una tappa, ha detto -. Quando Mads ha gambe come quelle non devi parlare, ma solo lavorare per lui. Eravamo molto motivati a vincere la tappa, sulla salita mi ha dimostrato quanto fosse forte", ha detto Ciccone.
La tappa è stata movimentata solo da una fuga che ha coinvolto Josh Tarling, vincitore della cronometro di sabato, gli sforzi di Pello Bilbao e Lorenzo Fortunato sul passo... e un attacco di Capra al neozelandese Dion Smith.