Con entrambe le squadre al peggior punteggio dopo 25 partite di campionato dal 2014/15, il Dortmund ha avuto almeno il successo infrasettimanale in Champions League per dare un'iniezione di fiducia, e Serhou Guirassy ha messo alla prova Peter Gulacsi nelle prime battute.
Ma questo serve solo a infiammare il Lipsia, che colpisce subito la traversa con Lois Openda, prima di passare in vantaggio al 18'.
Il potente tiro di David Raum è stato deviato sulla traiettoria di Benjamin Sesko, che ha avuto la fortuna di spingere accidentalmente il pallone per Xavi Simons, che ha tirato di potenza dal centro dell'area.
I padroni di casa non hanno mostrato segni di rallentamento dopo l'apertura, e Marcel Sabitzer si è infortunato impedendo il tiro di Christoph Baumgartner, prima che Ridle Baku si accartocciasse contro la traversa.
Sembrava che il Dortmund potesse essere sollevato dall'andare all'intervallo con un solo gol di scarto, ma avrebbe potuto facilmente pareggiare quando Karim Adeyemi ha tagliato all'interno e il suo tiro è stato salvato da Gulacsi.
Ma il duro lavoro - e le parole di Kovac durante l'intervallo - si sono rivelati vani, perché il Lipsia ha raddoppiato il vantaggio solo un paio di minuti dopo la ripresa.
Xavi ha alzato il suo angolo sopra per Openda, che ha spedito nell'angolo più lontano.
Maximilian Beier ha incarnato la loro determinazione nel cercare di salvare una causa persa, colpendo due volte in rapida successione i legni, prima che Adeyemi facesse lo stesso, con il suo tiro fulminante respinto sulla traversa da Gulacsi.
La reazione del Dortmund, dopo essere stato messo alle strette per la seconda volta, è stata ammirevole, ma una moltitudine di occasioni è stata sprecata grazie ad alcune conclusioni sbagliate.
Alla fine, gli ospiti non sono stati in grado di recuperare nemmeno un gol nonostante gli oltre 2 xG nel secondo tempo, e sono quindi caduti in una sconfitta per la quarta volta in sei partite di campionato sotto la guida di Kovac.
Anche se la vittoria non è sufficiente per salire tra le prime quattro, la seconda vittoria del Lipsia su 10 partite di campionato nel 2025 li porta almeno provvisoriamente a pari punti con l'Eintracht Francoforte.
Flashscore Uomo del match: Xavi Simons (RB Leipzig)